Die Geschichte von Yu Gi Oh, beschreibt die eines speziellen Ägypten vor etwa 3000 Jahren. Yugi ist ein sechzehn Jahre alter Schüler, der versucht ein altes, ägyptisches Puzzle nach und nach zusammen zu setzen. Doch als ihm dies gelingt, verändert dies sein nahezu gesamtes Leben. Denn plötzlich weckt er mit dem Puzzle den Geist eines alten Pharaos, dessen Gedächtnis gelöscht wurde. Zudem teilt Yugi nun den Körper des Monarchen.
Nach der grossen Schlacht in der Stadt, dauert es Jahre um Jahre, bis Yami Yugi endlich sein Gedächtnis wiedererlangt. Zusammen mit Yugi macht er sich auf eine lange Reise. Denn mit Hilfe der Duel Monsters Karten versuchen nun Yugi und Yami das verlorene Gedächtnis des Pharaos wieder zu erlangen.
Die Geschichte setzt etwa bei der Manga Episode 279 ein und greift die Geheimnisse der Millennium Items, verschiedener Schlachten und Yamis Leben als Pharao auf. Der Zuschauer wird aufgefordert im Laufe der Serie selbst heraus zu finden, welche Geheimnisse Yami Yugi und sein Königreich, welches vor ca. 3000 Jahren umgeben.
Ziel dieser Serie ist es, das Geheimnis um Yami, seinen verlorenen Namen sowie seine Erinnerungen wiederzuerlangen. Damit dieses Unterfangen gelingt, ist Yami nicht nur einmal auf die Hilfe seiner Freunde angewiesen. Die Geschichte selbst, gliedert sich in insgesamt 11 Abschnitte auf.
Dieser Abschnitt beginnt nach der Schlacht um die Stadt. Yugi ist nun erhält drei ägyptische Götterkarten und ist nun bereits für die nächste Stufe um seiner Erinnerung ein wenig näher zu kommen.
In der gleichen Nacht hilft Bakura Yugi nun die drei Karten an sich zu bringen und einem Kartensammler zu entwenden. Nachdem die beiden die Karten in ihren Besitzt gebracht haben, überreicht Yami Yugi zudem noch eines der Millennium Augen und gibt ihm das Versprechen, ihn zu unterstützen solange bis er seine Kraft und seine Erinnerung zurück erhalten hat.
Einige Tage später machen Yugi und seine Freunde Yugi, Honda, Jyoonouchi, Anzu und Bakura sich auf die Suche nach der steinernen Tafel. Auf der vorderseiter des Museums, wo sie die Tafel vermuten, treffen sie jedoch auf einen äusserst mysteriösen Mann. Dieser stellt sich ihnen nun als Bobasa – Diener der Shadi vor und möchte den Pharao davon überzeugen sich den Shadi anzuschliessen. Beeindruck stellen Yugi und seine Freunde fest, dass er magische Artefakte bei sich trägt und ihnen vorschlägt zusammen mit ihnen eine Reise in die Welt der Erinnerungen anzutreten.
Es dauert nicht lange und sie kommen schliesslich an. Yami holt seine drei ägyptischen Godkarten vor und hält sie wie auf der Steintafel beschrieben hoch. Doch noch bevor die anderen reagieren können, erscheint ein glänzend helles Licht und bringt Yami Yugi in die Welt seiner Erinnerungen inmitten eines Millennium Puzzles.
Die Freunde machen sich nun auf um einzutauchen in die geheimnisvolle Welt von Yugis Geist. Sie alle sind sich sicher, dass es eine Tür in Yugis Geist gibt, die es lediglich aufzustossen gilt, um so letztlich die Erinnerungen an das frühere Ägypten Yamis wieder zu finden.
Während sich nun alle daran machen das Geheimnis um Yugis Vergangenheit zu lüften, spielen Yami bzw. Yugi die Rolle als Pharao nahezu perfekt. Als er erstmalig in das Reich seiner Erinnerungen zurückkehrt, sieht man ihn auf einem Thron sitzen, der eines Pharaos würdig ist. Er wird umringt von seinem Diener Shimon Muran sowie den sechs Priestern Setao, Karim, Shada, Isis, Akunadin und Mahado. Yami Yugi scheint ein wenig verwirrt zu sein.
Yami Yugi sieht nun zum ersten Mal welche entscheidende Rolle ein Millennium Item in der Rolle der Menschheit haben. Eben diese Items verleihen dem Träger die Macht in den Geist der Menschen bis in die Tiefen ihrer Seele zu blicken. Die Monster die dem Geiste inne wohnen können zudem in eine steinerne Tafel verbannt werden. Yami Yugi bemerkt erst recht spät, welche Rolle der Priester Seto – nicht nur in seinem Leben spielt.
Einer der Priester – Isis – glaubt mittlerweile an ein schlimmes Ende. Er fürchtet um einen guten Ausklang des kommenden Jahrtausends. Zudem hat sich mittlerweile der Dieb Bakura auf den Weg zum königlichen Palast gemacht.
Als er dort ankommt, stellt er sich dem Pharao Yugi, sowie seinen sechs Priester und dem Diener Shimon gegenüber. Es dauert nicht lange und schliesslich kommt es zu einem ausgewachsenen Kampf zwischen Bakura und den Priestern indem Bakura seine Macht demonstriert. Die Priester versuchen dem zu begegnen indem sie ihrerseits ihre Monster beschwören.
Doch leider scheinen die Priester nicht den Hauch einer Chance zu haben, denn es gelingt ihnen nicht Bakuras Monster zu besiegen. Yugi erinnert sich mit einem Male an die Worte seines Vaters „Die Gerechtigkeit, liegt im Namen Gottes“. Mit diesen Worten fällt es ihm wie Schuppen von den Augen, denn er ist in der Lage durch seinen Namen den Obelisken Gottes zu beschwören und gegen das Bakuras Monster Diabound zu kämpfen.
… später mehr …