Trotz einer schwierigen Kindheit ist Mokuba ein lieber und aufrechter Junge, da Seto ihn immer vor allem und jeden beschützt, weswegen Mokuba seinen Bruder auch über alles verehrt.
Normalerweise ist er nett und nahezu schüchtern, aber wenn es um Kaiba geht, ist er arrogant und verteidigt ihn als unbesiegbar. Da Kaiba sein einziger Verwandter ist und er sonst niemanden hat auf den er sich verlassen kann, ist er sozusagen von Seto abhängig. Er weiss, dass Kaiba das Versprechen sich um ihn zu kümmern nie vergessen wird und ist sich vollends bewusst, dass die ganzen Schwierigkeiten, die sich Seto aufgeladen hat nur seinetwegen sind. Daher unterstützt er seinen, wie er ihn nennt, „Nisama“(grosser Bruder) wo es nur geht. So würde er sich jederzeit für ihn opfern und alles ertragen nur um ihm zu helfen, z.B. wird er von Seto in gemeiner Weise als Finte benutzt um Gosaburou Kaiba und die Big-5 zu hintergehen, aber Mokuba vertraut seinem Bruder, wodurch es Seto erst gelingt die Kaiba Corporation an sich zu reissen. Da Seto seit dem Tag an dem er den Plan um Gosaburou Kaiba beschlossen hat nicht mehr lächelt oder so viel mit ihm spielt wie davor und Seto zudem dort viel ertragen musste, kann Mokuba seinen Adoptivvater nicht besonders leiden. Da er die einzige Schwäche von Kaiba ist, wird Mokuba des Öfteren als Druckmittel gegen Kaiba benutzt. Kaiba gibt jedoch immer alles um Mokuba zu retten, und als Mokubas Erinnerungen von Noa versiegelt werden, erwacht er wieder als Kaiba „Blue Eyes White Dragon“ spielt, da dieser seit ihrer Kindheit das Symbol für ihre tiefe Verbindung ist. Man könnte das Verhältnis zwischen den beiden eher als Vater-Sohn-Beziehung bezeichnen, da Kaiba ja auch sagt, dass er geschworen hat Mokubas Vater zu sein und ihn immer zu beschützen (Episode 116).
Obwohl Mokuba nicht eine so strenge Ausbildung durchlaufen musste wie Kaiba, ist er auch sehr intelligent und hilft seinem Bruder in der Firma durch seine analytischen Arbeiten am Computer. In Battle City ist es als Vize-Präsident der Kaiba Corporation seine Aufgabe das Turnier zu überwachen. Während Kaiba nur Yugi sieht, kann Mokuba auch mit die Anderen gut leiden, so sagt er zu Rishid, der sich als Malik ausgibt, dass sein Bruder die Qualen an den Anderen rächen wird und setzt sich dafür ein, dass auch sie mit aufs Battle Ship dürfen (Episode 81).