Vor vielen Jahren, als Pharao Akunumkanon über Ägypten herrschte, wurde das Königreich von dem anderen Land überfallen. Um mehr Macht zu erlangen und um das Königreich zu schützen, erlaubte der Pharao seinem Bruder, Akunadin, ein geheimes Ritual durchzuführen. Ohne ein Jahrtausende altes magisches Buch zu kennen, verließ sich der Pharao auf Akunadin, dem die Übersetzung gelang und der das Werk vollbrachte. Akunadin führte die Truppen zum Dorf der Diebe namens Kuruelna vor. Nach dem magischen Buch konnten sieben Schätze mit enormer Macht durch 99 Leben erschaffen werden.
Daraufhin opferte Akunadin die Dorfbewohner in Kuruelna, um dieses Ritual durchzuführen. Der Pharao Akunumkanon wusste allerdings nichts davon. Als die Herstellung beendet war, wurden sieben Halter ausgewählt. Der Pharao stand an der Spitze, gefolgt von den sechs Priestern. Das Königreich war vor den Eindringlingen sicher, als die dunkle Macht der sieben Millennium-Items freigesetzt wurde.
Jedes der Millenniumgegenstände hat die Macht den Verlierer eines Duels in den Shadow Realm zu verbannen, aus welchem es keinen Ausweg mehr gibt.
Wenn alle 7 Millenniumgegenstände mit den 3. Gott-Karten zusammengeführt werden, dann werden die dunklen Mächte gesammelt (das dunkle Portal öffnet sich) und der Pharao erlangt sein verlorenes Gedächtnis...
Bei seinem ersten Versuch brauchte Yugi 8 Jahre, um ein Millennium-Rätsel zu lösen, während er beim zweiten Versuch nur ein paar Minuten benötigte. Das Millenium-Puzzle erfüllte ihm einen Wunsch: "Einen wahren Freund zu haben, auf den man sich verlassen kann". Außerdem ist das Millennium-Puzzle ein Gefäß mit den Erinnerungen des Pharaos. Vor 3.000 Jahren opferte sich Pharao Atem, um sich und Zork Necrophidius in diesem Millennium-Puzzle zu versiegeln.
Malik bekam einen Millennium-Stab von seiner Familie und tötete damit seinen Vater. Nachdem er in der letzten Runde von Battle City besiegt wurde, gab er den Stab an Yugi zurück.
Der eigentliche Besitzer des Millennium-Stabes war der Priester Seto vor 3.000 Jahren. Er benutzte seine Macht zur Versiegelung von Ka.
Bakura Ryoo erbte einen Millennium-Ring von seinem Vater. Der dunkle Geist im Inneren des Rings, ein Teil von Zork Necrophidius, hat seinen Geist besessen. Vor 3.000 Jahren gehörte dieser Ring einem von 6 Dienern des Pharaos namens Priester Mahado. Der Dieb Bakura tötete den Priester und übernahm den Ring von ihm. Die Macht des Jahrtausendrings ist offensichtlich, dass er die Gedanken der Menschen in eine Sache, die der Besitzer wünscht, übertragen oder einbinden kann.
Shadi ist ein mysteriöser Typ, der versucht, alle Millennium-Gegenstände zu sammeln. Er nutzt die Macht der Waage, um die Sünden der Menschen zu messen. Wenn ihre Sünde schwerer als eine Feder ist, wird man von einer Schattenmacht bestraft. Vor 3.000 Jahren war der Priester Karim ein Besitzer dieser Waage. Er benutzte sie auch, um die Schuld der Gefangenen zu beurteilen.
Shadi nutzt die Macht des Millennium-Ankhs, um in den Geist einer Person einzudringen und sich in jede beliebige Form zu verwandeln. In ähnlicher Weise nutzte der Priester Shada seine Macht, um die Wahrheit in den Gedanken von Gefangenen zu sehen.
Pegasus bekam ein Millennium-Auge, als er nach Ägypten reiste und Shadi sah. Durch seine Kraft konnte er das Bild seiner verstorbenen Liebe, Sindia, wieder sehen. Außerdem konnte er die Gedanken der Menschen sehen. Nachdem er in der letzten Runde von Duelist Kingdom besiegt wurde, nahm Bakura das Millennium-Auge. Vor 3.000 Jahren war der Priester Akunadin der Besitzer des Auges. Er nutzte seine Macht auch, um in die Gedanken der Menschen zu sehen.
Isis bekam ein Millennium-Tauk von ihrer Familie. Durch seine Kraft kann sie die Zukunft sehen. Ihre Vorhersage war allerdings falsch, als sie gegen Kaiba auf dem Battle Ship antrat. Nachdem sie verloren hatte, gab sie es Yugi zurück. Vor 3.000 Jahren benutzte der Priester Isis das Tauk, um die Zukunft des Königreichs und der Menschen vorherzusagen. Allerdings konnte sie die Zukunft der Besitzer der Millennium Gegenstände nicht vorhersehen.