„Vor vielen Jahrhunderten, zur Zeit als die Pyramiden erbaut wurden, spielten ägyptische Pharaonen ein Spiel von gewaltiger und schrecklicher Macht: Das Spiel der Schatten!

Dieses Spiel mündete in einem Krieg von unvorstellbarem Ausmass, der die ganze Welt zu zerstören drohte, bis ein mutiger und mächtiger Pharao die Magie bändigte und sie in mystischen Gegenständen gefangen hielt.

5000 Jahre später lüftete ein Junge namens Yugi das Geheimnis des Millenniums-Puzzles, die alten mystischen Energien durchströmten ihn, weil das Schicksal ihn dazu auserwählt hat, die Welt vor der Rückkehr des Spiels der Schatten zu bewahren; so wie es einst der mutige Pharao getan hatte - 5000 Jahre zuvor!“

Mit dieser kurzen Einleitung nimmt die Story ihren Lauf.

Yugi Mutou, ein schüchterner Junge und Besitzer des Millenium Puzzles erklärt seinen Freunden in der Schule ein neues Kartenspiel namens „Duel Monsters“. Dabei erfährt man, dass Yugis Grossvater, bei welchem er auch lebt, Inhaber eines Kartenshops ist und viele sehr seltene Karten besitzt.

Kaiba Seto, der reiche Geschäftsführer der Kaiba Corp und Mitschüler von Yugi bekommt diesen Fakt mit und erstattet am gleichen Nachmittag dem Kartenladen einen Besuch ab. Er tritt dort auf Yugis Grossvater, Yugi und seine Freunde. Wie man bei diesem Zusammentreffen erfährt, besitzt Yugis Grossvater die legendäre Karte „Blue Eyes White Dragon“, die Kaiba um jeden Preis haben will.

Nachdem Yugis Grossvater jedoch sämtliche Angebote von Kaiba ablehnt, da die Karte eine kostbare Erinnerung an einen guten Freund ist, fordert Kaibo Yugis Grossvater zu einem Duel heraus.

Der Kampf findet in Kaibas neuem Duel Monsters Testcenter statt. Währenddessen erfährt Yugi vom Geschehen und macht sich mit seinen Freunden auf, um seinen Grossvater zu unterstützen. Dort angekommen kommt ihnen Yugis Grossvater entgegen, welcher einen Herzanfall erlitt und zusammenbricht. Mit dem Deck seines Grossvaters fordert Yugi darauf Kaiba zum Duel. Durch die Unterstützung seiner Freunde und den Glauben an das Deck seines Grossvaters gelingt ihm das Unmögliche. Mit der Karte „Exodia, The forbidden One“ entscheidet er das Duel für sich und besiegt gleich 3 der legendären „Blue Eyes White Dragon“.

Im Hintergrund erfährt anschliessend Maximilian Pegasus, dem Erfinder von „Duel Monsters“ und Träger des Millenium Auge, dass Kaiba Seto von Yugi Mutou besiegt wurde.

Damit nimmt die Story eine Wendung und die eigentliche „Duellist Kingdom“ Staffel beginnt.

In einem Schattenspiel zwischen Yugi und Maximilian Pegasus, verliert Yugi in letzter Sekunde durch ein Zeitlimit das Duel. Als wäre die Niederlage jedoch nicht genug, entreisst Pegasus durch sein Millenium Auge die Seele seines Grossvater und bannt sie in eine leere Duel Monsters Karte.

Um die Seele seines Grossvaters zurück zu gewinnen, nimmt Yugi am Turnier von Maximilian Pegasus statt, genannt „Duellist Kingdom“.

Dort trifft er gemeinsam mit Freunden zunächst auf die Gegner Weevil (Japan Duel Monsters Champion), Marco und Panic. Jounouchi, Yugis bester Freund und gleichzeitig totaler Duel Monsters Anfänger bekommt es mit Mai Valentine, Rex Raptor und Bones zu tun. Durch ihren Glauben an die Karten und den Mut für andere zu kämpfen (Jounouchi will siegen, um die Augenoperation seiner Schwester zu finanzieren und Yugi möchte schliesslich seinen Grossvater befreien) schaffen sie es bis in die Endrunde.

Auf dem Weg zum Schloss der Insel, wo das Finale stattfinden soll, treffen Yugi und seine Freunde auf Kaiba Seto, welcher ebenfalls gegen Maximilian Pegasus antreten muss (Pegasus hat Mokuba, Kaibas kleinen Bruder entführt und Kaiba fühlt sich dafür verantwortlich; nur ein Sieg über Pegasus würde Mokuba retten). Als Bedingung dafür muss er jedoch erst Yugi besiegen. So kommt es erneut zum Duel zwischen Kaiba und Yugi.

Im darauffolgenden Duel versucht Kaiba den “Ultimate Blue Eyes White Dragon” (Kombi aus 3. “Ultimate Blue Eyes White Dragon”) zu beschwören.

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