Einiges hat sich geändert für die Schüler der Duell-Akademie. Alles in allem wurden die meisten deutlich unabhängiger und gehen mehr und mehr ihrer eigenen Wege. Zudem hat nahezu jeder für sich herausgefunden, was ihm mittlerweile wichtig geworden ist.
Kenzo zieht wieder in den gelben Schlafsaal und wird zudem zu einem der Elite-Kämpfer für seine Freunde. Auch Asuka und Rei verlassen, den gelben Schlafsaal und ziehen fortan in den blauen zurück. Lediglich Yudai bleibt zunächst im gelben Schlafsaal.
Für die drei Studenten Asuka, Sho alias Syros und Judai beginnt mittlerweile das letzte Jahr an der Duell Akademie. In diesem Jahr sollen sie nicht nur eine Menge über das Duellieren, als auch über sich selbst lernen. Die Zukunft der Schüler gliedert sich wie folgt:
Sheppard kehrt an die Akademie zurück und hat eine Überraschung für seine Studenten parat. Er plant für seine Studenten ein „GX – Duell Turnier“. Der Wettbewerb soll ein Ansporn für die nächste Generation von Meister-Duellanten sein. Als kleinen Anreiz hat er Profi-Spieler aus der nahezu gesamten Welt eingeladen. Jeder Teilnehmer erhält zu Beginn ein Medaillon. Verliert er, muss er das Medaillon seinem Gegner überlassen. Wer zum Schluss alle Medaillons sein Eigen nennt, darf sich Sieger des Turniers schimpfen.
Der Kartendesigner Franz kocht derweil sein eigenes Süppchen. Er beabsichtigt eine Kopie der ägyptischen Götterkarte anzufertigen, die er Ra entwendet hat. Jaden, der im Duell gegen ihn antritt, hat nun einiges zu tun. Doch damit scheint es noch nicht genug zu sein. Orlando – Meister der darstellenden Künste tritt als nächstes gegen Jaden an. Dieser kann sich letztlich zwar gegen ihn durchsetzen, doch gelingt es ihm erst im letzten Augenblick, das Ruder rumzureissen.
Nachdem Duell findet Jaden einige von Chazz alten Karten. Diese gehörten einst zu seinen Lieblingskarten. Jaden lässt sich nicht lumpen und tritt mit eben seinen neuen Stücken gegen Chazz an – jedoch ahnt er nicht, dass sein Gegner nach wie vor noch von Sartorius kontrolliert wird. Ob dies wohl gut gehen wird? Im Laufe des Duells gelingt es Jaden jedoch Chazz wieder zurück in die Realität zu holen und ihn so der Kontrolle Sartorius zu entreissen. Als er erfährt, dass Alexis alias Asuke ebenfalls unter der Kontrolle von Sartorius steht, zögern sie nicht lange und versuchen mit allen Mitteln diese zu retten.
Auch Atticus muss sich Zane im Duell stellen – sein Ziel ist dabei ehrenhaft. Auch ihm ist die Medaille recht egal, er hingegen versucht ebenfalls seinen Freund aus den Fängen der Finsternis zu befreien. Zwar verliert Zane das Duell, doch die Hoffnung, dass er durch das verlorene Duell wieder der Alte wird geht nicht auf.
Für das Turnier der Turniere lassen sich es zudem einige alte Bekannte nicht nehmen, sich auf der Akademie einzufinden. Die Schüler freuen sich bereits. Doch auch Jaden kann froh sein. Er duelliert sich mit Lucien – einem berühmt berüchtigten Schüler der Nord-Akademie und setzt dabei seine Seele ein. Denn Jaden ahnt zunächst noch nicht, dass Lucien einen Pakt dem mit dem Teufel geschlossen hat. Verliert Jaden das Duell bekommt der Teufel als Belohnung seine Seele. Nur mit Mühe und Not gewinnt er jedoch das Duell.
Professor Chronos und Bonaparte scheint es nicht sonderlich gut ergangen zu sein. Die beiden wurden von Kanzler Sheppard gefeuert und müssen nun wohl oder übel zu Kreuze kriechen, damit er ihnen einen neuen Job gibt. Als sie auf Pegasus treffen, gibt dieser ihnen die Chance für einen Job – den sie jedoch eigentlich lieber von Sheppard bekämen. Gewinnen sie das Duell können sie für ihn arbeiten. Zwar verlieren die beiden das Duell haushoch, doch beweisen sie derart viel Kampfgeist, dass Kanzler Sheppard die Kündigung zurück zieht, so dass Pegasus überhaupt keine Chance mehr erhält die beiden einzustellen.
Jaden und Aster haben derweil ganz andere Probleme. Sartorius händigt den beiden jeweils einen derer Schlüssel aus, mittels denen es möglich ist den Satelliten zu steuern. Was sie jedoch nicht ahnen, dass Sartorius ihnen die Schlüssel jedoch nur ausgehändigt hat, um sie ihnen auch gleich wieder abzuluchsen. Alexis wurde von eben diesem geschickt um den beiden im Duell die Schlüssel wieder abzunehmen – was ihr auch fast gelingt, denn Jaden scheint von ihrem eisigen Deck mehr als gefordert zu sein.
Kaum ein Moment vergangen, dass Jaden es gerade so eben geschafft hat, seinen Schlüssel zu schützen, wartet auch die nächste Herausforderung den Schlüssel zu schützen auf ihn. Linda bittet Jaden sich mit dem Prinzen Ojin zu duellieren. Sollte er das Duell gewinnen, wäre es ihm so möglich ihn der Kontrolle von Sartorius zu reissen. Jedoch hat die Sache einen Haken, denn wenn er verliert, ist er gezwungen, seinen Schlüssel an Sartorius abzutreten. Jaden befindet sich mal wieder in der Zwickmühle.
Doch damit nicht genug, denn Jaden muss Sartorius zudem noch daran hindern, dass er die ganze Welt unterwirft, denn Sartorius ist von einem Alien besessen, welches plant die gesamte Menschheit in Marionetten zu verwandeln. Jaden hat alle Hände voll zu tun, doch dann hat er plötzlich eine Vision – in dieser sieht er wie es der Menschheit ergehen würde, wenn er verlieren sollte. So steckt er nun alle Energien in diesen Kampf.
Sie planen beide Lehrer an der Duell Akademie zu werden und ihr Wissen an die nächste Generation Schüler weiterzugeben.
Für Asuka steht eines fest, sie möchte um alles in der Welt in die Forschung gehen. Der Direktor der Schule rät ihr aus diesem Grund, dass sie zum Studieren zunächst ein College im Norden besuchen soll. Doch die Entscheidung die gewohnte Umgebung zu verlassen fällt ihr alles andere als leicht.
Zwar weiss sie, dass sie insgeheim langsam erwachsen wird, doch ist ihre Bindung zu ihrer Schule nach wie vor gross. Auch die Verbundenheit zu Yudei macht ihr den Abschied nicht leicht. Doch dennoch entschliesst sie sich letztlich zum Studium.
Sho hat es mittlerweile bis zum Roten, Ra zum gelben und letztlich sogar bis zum blauen Obelisken geschafft. Ryo bittet ihn nun, wirklich darüber nachzudenken, was er mit seinem Leben anfangen möchte. Doch sicher scheint er sich in diesem Punkt nicht zu sein. Zudem bittet er ihn ein wenig auf Yudai acht zu geben.
Ryo erweitert zudem das Cyber Dark Dragon Deck und Sho eröffnet ein neues Deck. In Kombination ist er nun mit den beiden Decks in der Lage Krankheiten zu heilen.
Sho hat Manjoume einen recht klaren Plan vorgeschlagen. Er möchte die Gruppe von ihm unterstützen. Hierfür scheint zunächst jedoch noch ein äusserst steiniger Weg vor ihnen zu liegen. Chronos hilft ihm jedoch wie er seiner Rolle als Edos Assistent gerecht werden kann. Offensichtlich scheint dies eine sehr gute Erfahrung für ihn darzustellen.
So lernt er auf diese Weise wie er ein Pro-Business abwickelt und sein Können noch weiter steiger, damit er in dieser unwirklichen Welt überlebt. Seine gute Absicht führt jedoch zu ein wenig Ärger. Denn beispielsweise versucht er sich mit seiner komödiantischen Ader Manjoume zu einem neuen Namen „OjaManjoume“ zu verhelfen. Und trotz der guten Ratschläge und Hilfe, geht er ein düsteres Geschäft ein.
Durch die Hilfe seiner Freunde – besonders der von Yudai – hat er die Möglichkeit seine wahre Stärke zu testen. Ihm gelingt es tatsächlich die Nummer 1 – Edo – zu besiegen. Er scheint überglücklich zu sein. Vor allem die Tatsache, dass ihm dies in aller Öffentlichkeit gelingt, lässt ihn wie auf Wolken gehen.
Zudem sind nun diverse Agenten auf ihn aufmerksam geworden. Sein Telefon steht nicht mehr still und diverse Angebote flattern ihm nun ins Haus. Manjoume beschliesst nun endlich seiner eigenen Wege zu gehen und nennt sich fortan „Manjoume Thunder“.
Von Yubel erhält er das Versprechen, dass er vom Kind endlich zum Manne heranwachsen kann. Zudem wurde ihm aufgetragen, gegen das Licht der Ruinen und Truman – einem Hüter der Dunkelheit zu kämpfen. Ein wenig beunruhigend scheint zudem für ihn die Tatsache zu sein, dass Professor Chronos sich ein wenig verändert zu haben scheint. Er fragt sich ernsthaft, was mit ihm los ist. Findet zunächst aber keine Antwort.
Mittlerweile wird dieser anstelle von Napoleon zum Vize-Direktor befördert. Dieser verlässt mit seinem Sohn Martin enttäuscht die Schule. Chronos hat ebenfalls eine gewisse Entwicklung durchlebt seit der 1. Staffel. Während er am Anfang noch zunächst ein eher schlechter Lehrer war, da er überhaupt nicht wusste, wie er den Stoff seinen Schülern vermitteln sollte.
Wie dem auch sei, in den vergangenen Jahren gelang es ihm mehr und mehr an Erfahrung zu sammeln und so wurde er schliesslich doch noch zu einem guten Lehrer. Für seine Schüler hat er zudem immer ein offenes Ohr und scheint recht betroffen zu sein, wenn sie Probleme haben. Auch gibt er sich Mühe stets fair und ehrlich zu ihnen zu sein und eben dafür schätzen sie ihn.
Der Lohn dessen besteht vor allem darin, dass seine Stundenten ihn mehr lieben als alle anderen Lehrer. So scheint es in keiner Weise verwunderlich zu sein, dass sie ihn mehr und mehr in Richtung des Dirktorpostens schieben. Zur gleichen Zeit geht es Martin mit seinen Studenten nicht anders. Auch diese möchten diesen zunehmend in der Position des Rektors sehen. Als sich seine Pläne jedoch leider in eine andere Richtung entwickeln, beschliesst er daher die Schule zusammen mit seinem Sohn zu verlassen.
Es scheint kein Zufall zu sein, dass es zu Kagemarus Revival kommt. Alle Geschehnisse aus der ersten Staffel spielen in der Duell Akademie. So fungiert dieser als zentraler Mittelpunkt. Judai scheint in irgendeiner Weise mehr oder weniger freiwillig in jedem Kampf verwickelt zu sein. Alle sagenumwobenen Geheimnisse der Vergangenheit scheinen in dieser Staffel bereits gelöst zu werden.